Pomiędzy Zgromadzeniami organizacją zarządza sekretarz generalny i sekretariat, urzędujący w Gandawie.
Komisje Naukowe Działalność naukowa Unii jest prowadzona w komisjach, zajmujących się mniejszymi obszarami nauki. W skład każdej komisji wchodzą przedstawiciele wszystkich komitetów narodowych. Światowi przewodniczący i wiceprzewodniczący Komisji są wybierani na 3 lata przez przedstawicieli komitetów narodowych w czasie Zgromadzenia Generalnego. W czasie Zgromadzenia jest też przyjmowany program badań.
W URSI działają Komisje Naukowe: Komisja A: Metrologii Elektromagnetycznej (ang. Electromagnetic Metrology) Komisja B: Fal i pól elektromagnetycznych (ang. Fields and Waves) Komisja C: Sygnałów i Systemów (ang. Signals and Systems) Komisja D: Elektroniki i fotoniki (ang. Electronics and Photonics) Komisja E: Szumów i zakłóceń elektromagnetycznych (ang. Electromagnetic Noise and Interference) Komisja F: Propagacji fal i teledetekcji (ang. Wave Propagation and Remote Sensing) Komisja G: Propagacji fal radiowych w jonosferze (ang. Ionospheric Radio and Propagation) Komisja H: Fale w plazmie (ang. Waves in Plasmas) Komisja J: Radioastronomii (ang. Radio Astronomy) Komisja K: Elektromagnetyzm w biologii i medycynie (ang.