cirugedae prawdopodobnie miał sześć kręgów krzyżowych jak inne ceratozaury, zaś grubość jego kości kruczej wynosiła więcej niż połowę jej długości mierzonej od jej przodu ku tyłowi.
Z przeprowadzonej przez autorów jego opisu analizy filogenetycznej (opartej na macierzy danych z analizy Carrano i Sampsona, 2008, do której dodano dane o rodzajach Limusaurus i Camarillasaurus) wynika, że był on jednym z najbardziej bazalnych znanych przedstawicieli Ceratosauria. Na drzewie zgodności wygenerowanym metodą 50% majority rule consensus jest on taksonem siostrzanym do kladu obejmującego wszystkie pozostałe ceratozaury poza najbardziej bazalnym Limusaurus; na drzewie ścisłej zgodności jest on w nierozwikłanej politomii ze wszystkimi innymi ceratozaurami poza znów najbardziej bazalnym Limusaurus. Wyniki te nie zmieniły się gdy powtórzono analizę wykluczając z niej rodzaje Deltadromeus, Aucasaurus i Abelisaurus. Autorzy zaznaczyli, że ze 151 uwzględnianych w analizie cech budowy szkieletu w wypadku C. cirugedae mieli informacje tylko o 17 cechach; odkrycie dalszych skamieniałości tego teropoda może więc wpłynąć na zmianę jego pozycji filogenetycznej.