Nie zachowały się dokumenty pozwalające stwierdzić, czy taki wynik wizytacji był uzasadnieniem odwołania Szczerskiej ze stanowiska we wrześniu 1951; przypuszcza się, że głównym powodem był „niewłaściwy życiorys” oraz zaangażowanie w pomoc dla represjonowanych uczennic.
Po odwołaniu Szczerska natychmiast wyjechała ze Szczecina. Podjęła pracę w gimnazjum w Pyskowicach, a następnie w Szkole Podstawowej i Liceum Ogólnokształcącym w Bielsku-Białej (1953–1959).
Drugi okres szczeciński thumb|240px|Nagrobek Janiny Szczerskiej na cmentarzu Centralnym w Szczecinie Kontakt Janiny Szczerskiej ze Szczecinem został odnowiony w 1958 z inicjatywy „Szczerytek”, które zdawały egzamin maturalny w 1948; organizując uroczystość jubileuszu 10-lecia odnalazły adres byłej dyrektorki i wysłały zaproszenie, z którego skorzystała. W Szczecinie otrzymała i przyjęła propozycję ponownego objęcia – od września 1959 – stanowiska dyrektorki Liceum; decyzję o urzędowym przeniesieniu wydał kurator Bolesław Sadaj. Szkoła była już wówczas koedukacyjna, co zmieniło jej charakter. Szczerska nie chciała się pogodzić z tą zmianą oraz z liberalizacją zasad obowiązujących w szkole, np. dotyczących ubioru i zachowania;