Na początku sezonu 1995/96 CSKA-Borysfen przeniósł się do Kijowa, zmieniając nazwę na CSKA-Borysfen Kijów. W debiutowym sezonie w Wyższej lidze zajął dość wysokie czwarte miejsce. W sezonie 1996/97 w klubie nastąpił rozłam, wojskowi chcieli mieć własny klub w Wyższej lidze. Klub zmienił nazwę na CSKA Kijów, a druga drużyna, która akurat awansowała do Pierwszej ligi, przyjęła nazwę CSKA-2 Kijów. Współwłaściciele klubu z Boryspolu zostali z niczym, ale natychmiast przywrócili nowy klub Borysfen Boryspol w Drugiej lidze.
Na przełomie wieku XX a XXI wojsko nie było w stanie utrzymać klubu w Wyższej lidze, więc w 2001 roku przekazał go miastu. Na bazie CSKA Kijów powstał nowy klub Arsenał Kijów. Ale klub wojskowy nie zniknął. Druga drużyna CSKA-2 Kijów, która dalej występowała w Pierwszej lidze, zmieniła nazwę na CSKA Kijów i kontynuowała historię wojskowego klubu.
W sezonie 2007/08 klub zajął 19.miejsce w Pierwszej lidze i spadł do Drugiej ligi. W sezonie 2008/09 startował w rozgrywkach Drugiej ligi, ale na początku września 2009 z przyczyn finansowych został rozwiązany.
Juniorskie drużyny CSKA nadal uczestniczyły w amatorskich mistrzostwach Kijówa. Dopiero, w maju 2019 r.