Po wybuchu II wojny światowej i agresji ZSRR na Polskę przebywał w sowieckim obozie dla jeńców wojennych w obozu jenieckiego NKWD w Griazowcu koło Wołogdy. Po ataku III Rzeszy na ZSRR i zawarciu układu polsko-sowieckiego uwolniony, wyjechał do Wielkiej Brytanii, gdzie kontynuował pracę na University of St Andrews (wykładał tam już od 1924). W 1942 objął tekę ministra sprawiedliwości w rządzie Władysława Sikorskiego, wbrew stanowisku władz Stronnictwa Narodowego na emigracji; wywołało to konflikt w partii i powstanie grupy opozycyjnej z Marianem Seydą na czele. W 1942 wykluczony ze Stronnictwa Narodowego przez Tadeusza BieleckiegoEugeniusz Duraczyński, Rząd Polski na Uchodźstwie 1939–1945. Organizacja, Personalia, Polityka, „Książka i Wiedza”, Warszawa 1993, str.249. Komarnicki był ministrem do czasu dymisji rządu Stanisława Mikołajczyka w listopadzie 1944, później wycofał się z życia politycznego. Od 1945 wykładał prawo państwowe i prawo międzynarodowe publiczne na Uniwersytecie w Oksfordzie (kierował Katedrą Prawa Państwowego Polskiego Wydziału Prawa) i polskiej Szkole Nauk Politycznych i Społecznych w Londynie. W 1949 prowadził wykłady w Akademii Prawa Międzynarodowego w Hadze, gdzie omawiał zagadnienie określenia agresora w nowoczesnym prawie międzynarodowym.