W czasie okupacji niemieckiej, mimo skrajnie trudnych warunków, towarzystwo nie zaprzestało działalności, choć z powodów ekonomicznych musiało ją zredukować. 25 października 1948 towarzystwo zostało znacjonalizowane, a działalność ograniczono do obsługi kredytowej drobnego rolnictwa. Rok później zmieniono nazwę na Bank Spółdzielczy w Krakowie oraz przyłączono 10 okolicznych kas Stefczyka. Już w 1950 r. nastąpiła kolejna zmiana nazwy na Gminna Kasa Stefczyka z odpowiedzialnością udziałami. Częściowe przywrócenie spółdzielczości bankowej nastąpiło w 1957 r. W 1961 r. wrócono do nazwy Bank Spółdzielczy w Krakowie.
Po transformacji ustrojowej Bank Spółdzielczy w Krakowie z powodzeniem rozpoczął działalność na wolnym rynku. 1 stycznia 1994 BS prowadził działalność jedynie w Krakowie i dwóch podkrakowskich gminach – Zabierzowie i Wielkiej Wsi. Od 1994 zaczął się jego dynamiczny rozwój. W latach 1994–1999 do Krakowskiego Banku Spółdzielczego przyłączono 22 banki spółdzielcze. W 1999 r. działało już 37 placówek w województwach małopolskim i świętokrzyskim. W grudniu 1997 zmieniono nazwę banku na obecną.