Po przejściu Armii Czerwonej bank nie wrócił do swojego budynku, który został wynajęty PKP. Po wojnie bank rozpoczyna swoją działalność niemal od zera. Przyłączeniu do niego ulegają kasy Stefczyka w Wielogłowach, Piątkowej i Mystkowie. W 1948 bank zostaje znacjonalizowany i podporządkowany Centralnym Związkom Spółdzielczym. W 1957 zmienia nazwę na Kasa Spółdzielcza w Nowym Sączu, powracając do poprzedniej nazwy w 1961. W 1975 zostaje przymusowo zrzeszony w Banku Gospodarki Żywnościowej. Socjalistyczne ustawy ograniczały możliwość rozwoju i samodzielność banków spółdzielczych m.in. przez wysoką stopę podatku dochodowego, sztywne taryfikatory płac, stosowanie sztywnych stóp procentowych od kredytów i depozytów. Sytuacja ta trwała do odejścia od gospodarki komunistycznej.
W 1992 Bank Spółdzielczy w Nowym Sączu zrzeszył się w Banku Unii Gospodarczej, który w 2002 wszedł w skład Banku Polskiej Spółdzielczości. W październiku 1993 powrócono do własnego budynku przy ul. Stefana Batorego 78. W 2004 do nowosądeckiego BS przyłączono Bank Spółdzielczy w Gródku nad Dunajcem.