Na ścianie szczytowej prezbiterium od strony Plant znajduje się rzeźba upadającego Chrystusa, dzieło Jana Szczepkowskiego z początku XX wieku.

Wnętrze Wewnątrz niezwykłe jest sklepienie palmowe nawy, wsparte tylko na jednym, centralnym filarze symbolizującym biblijne Drzewo Życia. Po prawej stronie za wejściem znajduje się pochodzący z kościoła Ducha Świętego lawaterz z zachowaną datą 1581 obecnie służący jako kropielnica.

Pozostały wystrój nawy jest w obecnej postaci wierną XIX-wieczną rekonstrukcją renesansowych malowideł pochodzących z 2 poł. XVI wieku. Z powodu zbyt silnego zawilgocenia oraz braku nowoczesnych metod konserwatorskich nie udało się uratować oryginałów. Stanisław Wyspiański skopiował je w skali 1:1 i jego kartony posłużyły Antoniemu Tuchowi do wykonania rekonstrukcji. Na ścianach umieszczono wizerunki bpa Iwona Odrowąża oraz czterech Doktorów Kościoła. Na wschodniej ścianie znajduje się „Zwierciadło Grzesznika” (łac. Speculum Peccatoris) – alegoryczne przedstawienie obnażonego starca, siedzącego na krześle wyrastającym z głębi studni i otoczonego mieczami z napisem Mors (śmierć), Diabolus (diabeł), Peccatum (grzech) i Verbum (słowo), piąty zaś miecz zwisa nad głową starca.