Kaplica św. Zofii (po prawej stronie) została wybudowana jako kaplica cechowa krakowskich piekarzy w 1442. We wnęce ściany południowej ma zachowany unikatowy pochodzący z końca XVI wieku późnorenesansowy konfesjonał należący do najstarszych zachowanych w Krakowie. Pozostałe konfesjonały barokowe w kościele przeniesione tutaj zostały z katedry wawelskiej. Organy 18-głosowe z barokowym prospektem.
W kościele znajduje się także brązowa chrzcielnica z 1423, pośród wielu innych epitafium Heleny Modrzejewskiej rodziny Pollerów i Tomasza Prylińskiego, skrzydła gotyckiego tryptyku z nieistniejącego już kościoła św. Michała na Wawelu, a także stalle pochodzące z XVII w. zdobione polichromią przedstawiającą sceny z życia duchaków, tron prepozyta duchaków oraz ambona z 1 ćw. XVII wieku stanowiące doskonały przykład wspaniałego kunsztu krakowskich snycerzy.
Nad wejściem do zakrystii obraz modlącej się przed krzyżem w katedrze wawelskiej św. Królowej Jadwigi.
Obok kościoła znajduje się wczesnogotycka, kamienna plebania, która jest najstarszym zachowanym budynkiem mieszkalnym w Krakowie.