Po śmierci Jana od razu otoczyła go cześć wiernych. W pierwszym okresie kult rozwijał się samorzutnie i już w XVI w. był większy niż niejednego świętego kanonizowanego. Urzędowe starania o beatyfikację rozpoczęte w 1615 r. znacznie ten proces przyspieszyły. Najbardziej czczonym był we Lwowie, gdzie spoczywały jego relikwie. Wśród ubiegających się o jego łaski najwięcej było ludności miejskiej z miast wschodniej Małopolski, Wołynia i Podola, od Lublina po Trembowlę, Sambor i Drohobycz. Licznie odwiedzali jego grób prawosławni Rusini i Ormianie. Rozpowszechniony był kult Jana z Dukli wśród żołnierzy, zwłaszcza na terenach Ukrainy. Mniej popularnym był jego kult wśród szlachty i ludu wiejskiego.
W 1733 roku papież Klemens XII ogłosił Jana z Dukli błogosławionym. Od 1957 roku toczył się proces kanonizacyjny, który zakończył się kanonizacją, dokonaną przez Jana Pawła II w Krośnie 10 czerwca 1997 roku. Po uroczystej mszy na lotnisku w Krośnie papież poświęcił świątynię nazwaną imieniem tego świętego.
Św. Jan z Dukli na mocy uchwały Sejmu RP został ogłoszony jednym z patronów roku 2014.
Patronat W 1739 r. papież Klemens XII ogłosił bł. Jana patronem Korony i Litwy. Św. Jan jest także patronem archidiecezji przemyskiej, Lwowa i rycerstwa polskiego.
Patronuje również Centrum Onkologii Ziemi Lubelskiej.