Zwłaszcza ptaków odbywających lęgi, w tym gatunków drapieżnych – objętych ochroną gatunkową.
Nieodłącznym wpływem na fitocenozę jest sama gospodarka leśna. Zabiegi gospodarcze które poprzez hodowlę lasu kształtują jego powierzchnię, ochrona przed gradacją owadów, ograniczanie życia drzewa do wieku rębności czy też usuwanie wiatrołomów i wiatrowałów radykalnie obniża wartość przyrodniczą Lasu Miejskiego. Niepokojącym wskaźnikiem jest również stan gleb hydrogenicznych – torfowisk. W wielu przypadkach proces torfotwórczy został odwrócony w wyniku przesuszenia siedlisk co skutkuje mineralizacją i stopniowym zanikiem. Melioracje Lasu Miejskiego, podyktowane dawniej regulacją stosunków wodnych siedlisk wilgotnych i bagiennych na szczęście nie są współcześnie priorytetem gospodarki leśnej.
Ograniczeniem wpływu człowieka na biocenozę Lasu Miejskiego jest jego status lasu objętego ochroną HCVF 3.1. – ekosystemy skrajnie rzadkie i ginące, HCVF 3.2. – ekosystemy rzadkie i zagrożone w skali Europy i HCVF 4.1. – Lasy wodochronne.