W 1994 pojawiła się koncepcja utworzenia Uniwersytetu Bydgoskiego z połączenia wszystkich istniejących w mieście uczelni publicznych. W świetle ówczesnych przepisów prawa, nowa federacyjna uczelnia spełniałaby z nawiązką kryteria uniwersyteckie. Gdy ta koncepcja nie zyskała uznania w bydgoskim środowisku naukowym, zaczęto forsować pomysł samodzielnego przekształcenia WSP w uniwersytet, poprzez stopniowy wzrost potencjału naukowego uczelni, popierany usilnie przez władze miejskie (darowizny budynków, mieszkań dla naukowców sprowadzanych z innych ośrodków itd.)Pastuszewski Stefan: Nowy uniwersytet?. [w.] Kalendarz Bydgoski 1994.. Rada Miejska Bydgoszczy ustanowiła 1996 rokiem Uniwersytetu Bydgoskiego, a koncepcja powołania uniwersytetu stała się jednym ze strategicznych celów miasta i społeczeństwa regionuPastuszewski Stefan: Jednak bliżej uniwersytetu. [w.] Kalendarz Bydgoski 1997.. Dzięki przychylności władz WSP poszerzyła bazę lokalową. Pozyskano budynki przy ul. Przemysłowej, Staffa, Chodkiewicza, Baczyńskiego, a w willi przy ul. Berwińskiego w 1998 umieszczono jedyne w kraju Muzeum Dyplomacji i Uchodźstwa Polskiego. Wzrastał także poziom naukowy kadry.