Przewoziła również tajną bibułę oraz broń.
20 czerwca 1940 r. została aresztowana przez Niemców wraz z pozostałymi członkami redakcji „Pobudki” i osadzona w Forcie VII. Wówczas mogła jeszcze przesyłać rodzinie paczki z brudną bielizną i otrzymywać je wypełnione chlebem, kilkoma dekagramami tłuszczu, cebulą oraz cukrem bądź słodkim pieczywem. Irena chowała w tych opakowaniach krótkie grypsy, w których pisała rodzinie, że wszystko jest w porządku. W Forcie VII zarekwirowano jej wózek inwalidzki, mimo że przez chorobę z dzieciństwa nie umiała chodzić. Była tam bita i głodzona. Następnie przeniesiono ją do więzienia we Wronkach, a stamtąd do berlińskiego Moabitu. W Berlinie 12 sierpnia 1942 r. stanęła przed sądem wojskowym. W trakcie rozprawy pozwolono jej zabrać głos. Wypowiedź trwała 30 minut i nie było w niej ani jednego słowa usprawiedliwienia, czy prośby o łaskę. Bobowska mówiła o czasie zaborów, germanizacji, okrucieństwach trwającej wojny. Na koniec dodała: „dziś wy mnie sądzicie, ale was będzie sądził ktoś wyższy”. Otrzymała wyrok śmierci, który wykonano przez ścięcie na gilotynie 27 lub 28 września 1942 r. Pozostawiła po sobie więzienne wiersze, m.in. „Bo ja się uczę...”, a także wiele rysunków. Po śmierci ciało Ireny zostało poddane eksperymentom medycznym, przeprowadzanym przez Hermana Stieve'a.