Na tym stanowisku Moffett stał się promotorem rozwoju amerykańskiego lotnictwa pokładowego i jednocześnie oponentem generała Williama „Billy'ego” Mitchella, dążącego do unifikacji całości sił powietrznych w ramach armii lądowej. W ciągu 12 lat pełnienia funkcji doprowadził między innymi do wdrożenia nowych programów szkolenia pilotów i personelu, powstania nowych baz lotniczych, rozwoju konstrukcji katapult i wyposażenia wspomagającego lądowanie na pokładach lotniskowców. Przejął również kontrolę nad zamówieniami nowych samolotów, w 1926 roku uzyskując zgodę rządu na pozyskanie dla floty 1600 maszyn w ciągu 5 lat. Był także zwolennikiem użycia sterowców, walnie przyczyniając się do powstania „Los Angeles”, „Akron” i „Macon”.
Zginął 4 kwietnia 1933 roku w tragicznej katastrofie sterowca „Akron” nad Atlantykiem u wybrzeży New Jersey. Został pochowany na Arlington National Cemetery. Na jego cześć został nazwany niszczyciel US Navy „Moffett” oraz baza lotnicza Moffett Field w pobliżu Sunnyvale w Kalifornii.
Jego syn, William Adger Moffet, Jr., również służył w US Navy, był lotnikiem morskim, weteranem II wojny światowej i kontradmirałem.
Przypisy Arlington National Cemetery Website