Międzynarodowa Unia Ochrony Przyrody (IUCN) uznała go za gatunek bliski zagrożenia (NT) z powodu powolnego tempa rozrodczego i częstotliwości połowów na niektórych obszarach występowania.
Taksonomia i filogenetyka W 1905 roku Robert Evans Snodgrass i Edmund Heller opisali nowy gatunek rekina, Carcharias galapagensis. Późniejsi autorzy przenieśli ten gatunek do rodzaju Carcharhinus. Typowym okazem (holotypem) był mierzący 65 cm młody osobnik wyłowiony u wybrzeży wysp Galapagos, stąd epitet gatunkowy galapagensis.
W pracy dotyczącej badań filogenetycznych żarłaczowatych na podstawie cech morfologicznych, opublikowanej w 1982 roku, Jack Garrick umieścił żarłacza galapagoskiego wraz z żarłaczem ciemnoskórym (C. obscurus) w centrum tak zwanej „obscurus group”, jednej z dwóch głównych grup wewnątrz Carcharhinus, obejmującej również żarłacza karaibskiego (C. perezi), żarłacza białopłetwego (C. longimanus), żarłacza brunatnego (C. plumbeus) i Carcharhinus altimus. Wszystkie te gatunki są stosunkowo duże, posiadają trójkątne zęby oraz wyraźny grzbiet pomiędzy płetwami grzbietowymi. Analiza filogenetyczna na podstawie danych allozymowych, opublikowanych przez Gavina Naylora w 1992 roku, potwierdza wcześniejsze założenia, włączając zarazem do „obscurus group” również żarłacza jedwabistego (C.