najlepszym wynikiem Wellingera z tego okresu było 19. miejsce z Planicy. Znalazł się w składzie reprezentacji Niemiec na Mistrzostwa Świata w Narciarstwie Klasycznym 2013 w Val di Fiemme, ostatecznie jednak nie wystąpił w nich w żadnym z konkursów. W klasyfikacji generalnej Pucharu Świata w skokach narciarskich 2012/2013 znalazł się na 20. pozycji z 393 punktami.
Sezon 2013/2014 28 lipca 2013 zajął drugie miejsce w konkursie w Hinterzarten, rozpoczynającym Letnie Grand Prix 2013. W kolejnych, rozgrywanych w sierpniu, zawodach indywidualnych odniósł dwa zwycięstwa w Wiśle i Courchevel oraz zajął trzecie miejsce w Einsiedeln. Stawał na podium również w zawodach drużynowych. W tym momencie był zdecydowanym liderem klasyfikacji generalnej, z ponad stoma punktami przewagi nad drugim Kamilem Stochem. W sześciu kolejnych zawodach LGP, rozgrywanych w Azji nie brał udziału. W zamykającym sezon letni konkursie w Klingenthal Wellinger odniósł kolejne zwycięstwo i mimo występu w mniej niż połowie konkursów wygrał cały cykl, wyprzedzając o 21 punktów Jerneja Damjana.