Ze względu na podobieństwo oraz możliwość pomyłki w obrębie nieformalnej grupy grzybów wielkoowocnikowych znajdują się grzyby niejadalne – wytwarzające nietoksyczne owocniki, jednak z różnych względów nie nadające się do spożycia, lub przynajmniej nieprzydatne kulinarnie oraz grzyby trujące – grzyby zawierające substancje trujące w ilości toksycznej dla człowieka np. muchomor sromotnikowy.
Systematyka i liczba gatunków Jak już było wspomniane wyżej, grzyby wielkoowocnikowe to grupa sztuczna, ale użyteczna z praktycznego punktu widzenia, wydzielona na podstawie rozmiarów, a nie pokrewieństwa ewolucyjnego. W sensie naukowym i systematycznych skupiają przedstawicieli podstawczaków (np. pieczarki, borowiki) i workowców (np. smardze, trufle).
W Polsce udokumentowano występowanie 3630 gatunków grzybów (przypuszcza się, że występuje ich 125 000 gatunków), w tym 3198 gatunków grzybów właściwych (Fungi), (a szacuje się, że występuje ich 11 840.) Spośród grzybów wielkoowocnikowych wykazano występowanie 512 gatunków workowców (Ascomycota) i 2077 gatunków podstawczaków (Basidiomycota). Przypuszcza się jednocześnie, że w Polsce występuje 5170 gatunków Basidiomycota.