Od 13 września 1890 administratorem parafii został ks. Emil Eichelberger, w 1891 wybrany jej proboszczem. Rozpoczął on remont kościoła i budynków parafialnych, a 1893 poświęcono nową wieżę. Ksiądz Eichelberger od października 1894 objął parafię w Mariampolu, w związku z czym administrację nad wiernymi z Węgrowa objął ks. Kacper Mikulski, proboszcz parafii w Łomży. 2 lipca 1895 nowym duszpasterzem został wybrany ks. Gustaw Herman Knothe. Uroczystość jego instalacji na proboszcza miała miejsce 1 września tego samego roku.
W 1895 liczba parafian wynosiła 2737. Miało wtedy miejsce 181 chrztów, 30 ślubów, 103 pogrzeby oraz konfirmowano 92 osoby. Do 1899 liczba członków parafii wzrosła do 3030 osób.
W latach 1905–1907 zbór powrócił pod administrację parafii w Łomży. Następnie opiekę nad miejscowymi wiernymi pełnił w okresie 1908-1910 diakon parafii w Warszawie, Mieczysław Rüger. Później placówka powróciła pod zarząd proboszcza łomżyńskiego, ks. Kacpra Mikulskiego. Stan ten utrzymywał się do 1921.