Kontrowersje W październiku 2013 tygodnik zamieścił okładkę przedstawiającą dziennikarza Tomasza Lisa w mundurze SS-mana z zakrwawionym różańcem w ręku, opatrzoną podpisem Prawie jak Goebbels. Lis pozwał redakcję tygodnika, a do samego pozwu przychylił się Sąd Okręgowy w Warszawie, nakazując redakcji tygodnika wypłatę 20 tysięcy złotych na cele społeczne oraz przeprosiny na łamach pisma. Redakcja nie złożyła apelacji od wyroku. Za ten sam numer, w którym tekst artykułu poświęconego atakom dziennikarzy na Kościół katolicki zilustrowany zdjęciem Moniki Olejnik, ona również złożyła pozew. Wyrokiem Sądu Okręgowego w Warszawie z lutego 2016 uznano rację Olejnik, a tygodnik „W Sieci” został ukarany koniecznością złożenia przeprosin na łamach pisma oraz wypłaty 25 tysięcy złotych na cele społeczne. W grudniu 2015 roku na okładce tygodnika ówczesny redaktor naczelny programu „Wiadomości” TVP1 Piotr Kraśko został przedstawiony w mundurze oraz tytułem „Medialny zamach stanu” i w ten sposób pismo porównało ówczesnego szefa programu do reżimowych dziennikarzy „Dziennika Telewizyjnego” z czasów stanu wojennego w Polsce.