Wagenaar był konserwatywnym przedstawicielem tradycji orkiestry romantycznej. Był też zaangażowanym pedagogiem; wykształcił wielu uczniów, m. in: Petera van Anrooy, Emile'a Enthovena, Bernarda WagenaaraKompozytor holendersko-amerykański, nie spokrewniony z Johanem Wagenaarem., Alexandra Voormolena, Léona Orthela i Willema Pijpera.
Johan Wagenaar był żonaty z Diną van Valkenburg, z którą miał dwie córki, pianistkę Nelly (1898–1985) oraz pianistkę i kompozytorkę Johannę (1900–1990).
Twórczość Johan Wagenaar żył częściowo w epoce postromantyzmu, ale jako kompozytor pozostał bezkompromisowo romantyczny aż końca życia. Jego muzyka pod względem brzmienia podobna była w dużej mierze do muzyki Richarda Wagnera, a także Johannesa Brahmsa i Hectora Berlioza. Wagenaar czasem był porównany z Richardem Straussem, ale jego muzyka była konsekwentnie diatoniczna z rzadka wykorzystująca sekwencje chromatyczne czy inne zasady organizacji dźwięków, nawet w granicach przyjętych romantycznych ograniczeń. Wagenaar nigdy nie napisał symfonii jako takiej, skomponował natomiast Sinfoniettę (1917). Jego ulubioną formą muzyczną był poemat symfoniczny.