Zbiory Zbiory Muzeum Goi są różnorodne – od hiszpańskiej sztuki religijnej po sztukę nowoczesną i współczesną. Zawierają także eksponaty rzemiosła artystycznego i sztuki prekolumbijskiej. Muzeum posiada także kolekcję broni wojskowej, zbiór numizmatyczny i kolekcję ceramiki z fabryki fajansu w Castres.
Kolekcja hiszpańskiej sztuki stanowi najbardziej reprezentatywną część Muzeum Goi. Oferuje szeroki przegląd hiszpańskiej sztuki wielkich mistrzów od XIV wieku aż do dziś. Znajdują się w nim prace takich artystów jak: Rexach, Velázquez, Murillo, Ribera, Valdés Leal, Cano, Pacheco, Zurbarán, Picasso, i zwłaszcza Goya. Muzeum posiada liczne grafiki oraz trzy płótna Goi: Autoportret w okularach (1797-1800), Portret Francisca del Mazo (1808-1812) oraz Junta Kompanii Filipin (1815).
Sale muzeum thumb|240px|Sala Goi thumb|240px|Sala Złotego Wieku thumb|240px|Kolekcja broni wojskowej thumb|240px|Autoportret w okularach, Muzeum Goi w Castres Sala Goi Francisco Goya: Autoportret w okularach (1797-1800), Portret Francisca del Mazo (1808-1812), Junta Kompanii Filipin (1815), cztery serie grafik Luis Paret y Alcázar: List Francisco Bayeu: Portret mężczyzny José Aparicio: Sócrates enseñando a un joven