W grudniu 1991 roku Thomas odszedł z Arsenalu do Liverpoolu. W Liverpoolu swój ligowy debiut zaliczył 18 grudnia 1991 w wygranym 2:1 wyjazdowym meczu z Tottenhamem Hotspur, gdy w 56. minucie zmienił Jana Mølby'ego. W swoim pierwszym sezonie spędzonym w Liverpoolu dotarł do finału Pucharu Anglii. Strzelił w nim gola, a Liverpool pokonał Sunderland 2:0 i zdobył puchar. Z kolei w sezonie 1994/1995 zdobył z Liverpoolem Puchar Ligi (nie zagrał w wygranym 2:1 finale z Boltonem Wanderers). Zimą 1998 Thomas został wypożyczony do grającego w Division One, Middlesbrough.
Latem 1998 roku Thomas przeszedł z Liverpoolu do Benfiki. Zadebiutował w niej 22 sierpnia 1998 w wygranym 2:0 domowym meczu z Estrelą Amadora. W sezonie 1999/2000 nie rozegrał żadnego meczu z Benfice i w 2000 roku wrócił do Anglii. W sezonie 2000/2001 występował w Wimbledonie, a następnie zakończył karierę piłkarską.