Przed sezonem 2008 Jannie zdecydował się na zmianę klubu. Pierwotnie zainteresowana jego usługami była drużyna z Kapsztadu. Ostatecznie du Plessis przeniósł się do Durbanu, gdzie dołączył do swojego brata Bismarcka. Podpisał wówczas kontrakt z zespołem (z Currie Cup) i jego odpowiednikiem z ligi Super 14 – Sharks. Już w pierwszym sezonie w nowej drużynie, du Plessis dotarł do półfinału Super 14, gdzie Rekiny odpadły po starciu z Waratahs. Dwa lata później z ekipą Sharks wywalczył tytuł mistrzowski południowoafrykańskich prowincji – Currie Cup. W 2012 roku Sharks dotarli do finału Super Rugby, gdzie 37–6 ulegli Chiefs z nowozelandzkiego Waikato.
Kariera reprezentacyjna Jannie du Plessis w zielono-złotej koszulce Springboks debiutował 7 lipca 2007 roku przeciw Australii, w meczu rozgrywanym w ramach Pucharu Trzech Narodów. Pierwotnie nie miał uczestniczyć w Pucharze Świata rozgrywanym w tym samym roku we Francji, jednak gdy w meczu ze Stanami Zjednoczonymi kontuzji kolana doznał BJ Botha, starszy z braci du Plessis otrzymał „awaryjne” powołanie do kadry. Podczas turnieju wystąpił w dwóch spotkaniach, z Fidżi i Argentyną, zaś drużyna RPA sięgnęła po złoto.