W tym czasie zostali powołani do załogi samolotu, którego zadaniem było odszukanie zaginionej w akcji innej maszyny i jej załogi. Używany do celów transportowych B-24 „The Green Hornet”, którym 24 maja polecieli na ratunek kolegom, okazał się niesprawny technicznie. Doszło do awaryjnego wodowania na otwartym oceanie w odległości 1370 km na południe od wyspy Oʻahu. W rozbitej maszynie zginęło ośmiu spośród jedenastu członków załogi. Trzema ocalałymi lotnikami byli: Zamperini, Russell Allen „Phil” Phillips (pilot samolotu) oraz Francis „Mac” McNamara. Zamperini i Russell, którzy byli bliskimi kolegami z załogi „Super Mana”, przez 47 dni dryfowali po Pacyfiku (McNamara zmarł po 33 dniach), zanim dotarli do Wysp Marshalla. Na brzegu zostali natychmiast ujęci przez żołnierzy japońskich.
Przez 42 dni byli przetrzymywani na atolu Kwajalein. Następnie przetransportowano ich do Japonii do obozu jenieckiego Ōfuna, zlokalizowanego w miejscowości Kamakura. Później zostali rozdzieleni. Zamperini trafił do obozu Ōmori w Tokio, a następnie przeniesiono go do północnej Japonii, do obozu Naoetsu, w którym był więziony już do zakończenia wojny w sierpniu 1945.