Po objęciu władzy przez Jana V Kalikst powrócił na tron patriarszy. W okresie swego drugiego patriarchatu sprzeciwiał się cesarskim planom zawarcia unii kościelnej. Dbając o przywileje patriarchatu starał się przywrócić zwierzchnictwo Konstantynopola nad Kościołem bułgarskim. Przeciwstawiał się tendencjom do tworzenia Kościołów narodowych. W homiliach i mowach dogmatycznych propagował hezychazm. Pod koniec życia wziął udział w poselstwie do Serbów w celu zawarcia przymierza antytureckiego. Przyjęła go wówczas w Seres cesarzowa Helena, wdowa po Stefanie Duszanie. Spotkanie to nie przyniosło jednak żadnych rezultatów. Kalikst zmarł w sierpniu 1363.
Pisma Oprócz pism polemicznych w obronie hezychazmu, między innymi skierowanych przeciw Niceforowi Gregorasowi, Kalikst pozostawił też homilie o treści etycznej, ascetycznej i pastoralnej. W żywotach świętego Grzegorza Synaity (wyd. po grecku w 1896 w Petersburgu) i Teodozjusza Tyrnowskiego (wyd. w j. staroserbskim w 1904 przez W. Złatarskiego) ukazał dzieje Kościoła po upadku Bizancjum, spory pomiędzy hezychastami a ich przeciwnikami i żywe wciąż jeszcze wśród Bułgarów kulty pogańskie.