GrupaZwycięzcy grup2. drużyny grupA Liverpool Anży MachaczkałaB Viktoria Pilzno Atlético MadrytC Fenerbahçe SK Borussia MönchengladbachD Girondins Bordeaux Newcastle UnitedE Steaua Bukareszt VfB StuttgartF Dnipro NapoliG KRC Genk FC BaselH Rubin Kazań Inter MediolanI Olympique Lyon Sparta PragaJ Lazio Tottenham HotspurK Metalist Charków Bayer LeverkusenL Hannover 96 Levante UD
Zespoły, które odpadły z fazy grupowej Ligi Mistrzów: GrupaDrużynaE Chelsea63121610+610H CFR Cluj631297+210B Olympiakos SFP63039909G SL Benfica62225508C Zenit Petersburg621369-37F BATE Borysów6204915-66A Dynamo Kijów6123610-45D Ajax6114816-84
1/16 finału
Pierwsze mecze
Rewanże
1/8 finału
Pierwsze mecze
Rewanże
1/4 finału Od tej rundy pary zostają rozlosowane niezależnie od przynależności drużyn do poszczególnych federacji oraz pozycji zajętej w fazie grupowej.
Pierwsze mecze
Rewanże
1/2 finału Po raz pierwszy pary półfinałowe zostały rozlosowane. Losowanie odbyło się 12 kwietnia 2013 w szwajcarskim Nyonie.
Pierwsze mecze
Rewanże
Finał