W połowie lat 90. XX w. ZNTK Bydgoszcz, ze względu na słabą kondycję finansową, przeznaczone były do likwidacji, ale ostatecznie zostały wpisane do programu narodowych funduszy inwestycyjnych. W 2001 Zaboklicki wraz z sześcioma innymi osobami z zarządu założył spółkę menedżerską, która odkupiła udziały w zakładzie za kredyt udzielony pod zastaw ich prywatnych majątków. W tym samym roku przedsiębiorstwo zmieniło nazwę na Pojazdy Szynowe Pesa Bydgoszcz oraz zaczęło budować swoją pozycję rynkową w oparciu o produkcję, a nie jak wcześniej tylko remonty taboru kolejowego. W późniejszym okresie Pesa wygrała potencjalnie zyskowne przetargi na dostawę pojazdów szynowych, m.in. na: 186 tramwajów Swing dla Warszawy o wartości około 1,5 mld zł w 2006, ramowy do 470 spalinowych zespołów trakcyjnych Link dla Deutsche Bahn o wartości ponad 1,2 mld euro w 2012. Zamówienie nie było jednak sukcesem i zamówiono jednak tylko 72 pojazdy.
W ciągu jednej dekady Pesie udało się uzyskać świadectwa jednostek certyfikujących, m.in. ISO 9001:2000 w 2002 i ISO 9001:2008 w 2009.