14 kwietnia 1390 Jan VII Paleolog obalił przy pomocy Turków dziada Jana V, i zajął jego tron (kwiecień–wrzesień 1390), patriarchą w miejsce Antoniego został wówczas ponownie Makary (1390–1391).

Drugi patriarchat Wkrótce po obaleniu Jana VII i objęciu władzy w państwie przez cesarza Manuela II (1391–1425), Antoni został przywrócony na stolicę patriarszą. W lutym 1392 r. patriarcha koronował cesarza i serbską księżniczkę Helenę Dragasz. Pod koniec XIV wieku Bizancjum w następstwie ekspansji Turków Osmańskich znalazło się w trudnej sytuacji politycznej. Antoni uczestniczył w organizowaniu pomocy Cesarstwu do walki z Turkami, próbował podnieść prestiż Konstantynopola, uważnie śledził sytuację w podległych mu eparchiach (w tym na Rusi i Wołoszczyźnie).

Dowiedziawszy się, że w Moskwie przestano wspominać podczas liturgii cesarza bizantyńskiego, Antoni wysłał do wielkiego księcia Wasyla I około 1393 r. list, w którym wyrzucał mu odmowę okazywania Konstantynopolowi należnej i starodawnej czciOstatnia część tego listu, zawierająca datę, uległa uszkodzeniu, wskutek czego nie sposób oznaczyć dokładnie czasu jego napisania. Wzmianka o „otoczeniu” Konstantynopola wskazuje, zdaniem G. Ostrogorskiego, na lata 1394–1397, bowiem zarządzona przez sułtana Bajazyda blokada miasta zaczęła się w 1394 r. (Dzieje Bizancjum, s. 508).