Budowlę wzniesiono z kamiennych ciosów wapienia pińczowskiego, z użyciem cegły w układzie wendyjskim. Kościół jest orientowany, posiada trzy nawy (nawa główna jest wyższa od naw bocznych) i filary, z wyodrębnionym prezbiterium zamkniętym półkolistą apsydą. Emporowy korpus nawowy jest trójprzęsłowy. Na zamknięciu wschodnich naw bocznych, po bokach prezbiterium znajdują się prostokątne pomieszczenia – dolne partie wież. Dwie czworoboczne wieże po bokach prezbiterium o wyjątkowo bogatym wystroju kamieniarskim, zostały obniżone w XVII wieku.
Ta wyjątkowa budowla zachowała się niestety w znacznie przekształconym stanie. Po sprofanowaniu, spustoszeniu i dewastacji przez braci polskich pod koniec XVI wieku i długotrwałym opuszczeniu odbudowana została dopiero po kilkudziesięciu latach w XVII wieku, staraniem księdza Macieja Molędy. W latach 1628–1634 wymurowano na nowo ściany naw bocznych, wieże zlikwidowano zatapiając je w bryle korpusu. Arkady międzynawowe obmurowano wtórnie i obecnie spływają na pilastry filarów, natomiast pierwotnie (jak wykazują relikty tkwiące w ich wnętrzu) były podtrzymywane przez półkolumny. Wprowadzone zostały barokowe sklepienie wyodrębnione gzymsem (na miejscu drewnianych stropów) oraz barokowy szczyt fasady ozdobiony figurami św. Wojciecha, św. Barbary i św. Katarzyny.