Od 2003 funkcjonowanie Bieszczadzkiego Oddziału Straży Granicznej regulowało Zarządzenie nr 41 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 17 października 2003 w sprawie nadania regulaminu organizacyjnego Komendzie Bieszczadzkiego Oddziału Straży Granicznej im. gen. bryg. Jana Tomasza Gorzechowskiego w Przemyślu (Dz. Urz. KGSG Nr 8, poz. 48, z 2005 r. Nr 3, poz. 10 oraz z 2007 r. Nr 1, poz. 13, Nr 3,poz. 29 i Nr 10, poz. 90), zmienionego zarządzeniami nr 41 z dnia 23 maja 2008 r., nr 63 z dnia 28 sierpnia 2008 r. i nr 84 z dnia 16 listopada 2009 r.
24 sierpnia 2005 w miejsce dotychczas funkcjonujących strażnic oraz granicznych placówek kontrolnych utworzono placówki Straży Granicznej. Funkcjonariusze i pracownicy pełniący służbę i zatrudnieni w strażnicach oraz granicznych placówkach kontrolnych Straży Granicznej stali się odpowiednio funkcjonariuszami i pracownikami placówek Straży GranicznejUstawa z 22 kwietnia 2005 o zmianie ustawy o Straży Granicznej oraz niektórych innych ustaw ()..
W latach 2002–2006 w Bieszczadzkim Oddziale Straży Granicznej zadania związane z ochroną granicy państwowej oraz z kontrolą ruchu granicznego realizowało 20 granicznych jednostek organizacyjnych.
Wykaz granicznych jednostek organizacyjnych Bieszczadzkiego Oddziału Straży Granicznej w latach 2002–2006 podano za: