Granicę państwową ze Słowacją w latach 2002–2004 ochraniało 7 granicznych jednostek organizacyjnych: Strażnica/Placówka Straży Granicznej w Wetlinie – ponownie od 1 czerwca 2009 w BOSG Strażnica Straży Granicznej w Cisnej Strażnica Straży Granicznej w Łupkowie → Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Łupkowie: (przejście kolejowe) Łupków-Palota Strażnica Straży Granicznej w Komańczy Strażnica Straży Granicznej w Jaśliskach Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Barwinku (przejście kolejowe) Łupków-Palota do 10 grudnia 2003 (przejście drogowe) Barwinek-Vyšný Komárnik Strażnica Straży Granicznej w Ożennej.
W strefie działania BOSG: Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Rzeszowie-Jasionce/Placówka Straży Granicznej w Rzeszowie-Jasionce (przejcie lotnicze) Mielec.
W ochronie granicy wykonywali zadania też: Kompania Odwodowa w Przemyślu; Samodzielna Kompania Odwodowa w Sanoku; Wydział Lotniczy Komendy Głównej Straży Granicznej realizujący zadania z powietrza (samolot Wilga, śmigłowce: Mi-2 i Kania).
W 2006 na terenie Komendy BiOSG w Przemyślu zostały zakończone prace przy adaptacji budynków z przeznaczeniem na „Areszt w celu wydalenia” oraz „Strzeżony Ośrodek dla Cudzoziemców”. Placówka Straży Granicznej w Sanoku od 1 czerwca 2009 w BOSG.