W latach 1690–1693 hetman Iwan Mazepa ufundował nowy sobór Objawienia Pańskiego w kompleksie klasztornym, zaś w 1703 rozpoczął budowę murowanej siedziby Akademii Mohylańskiej. W połowie XVIII w. wzniesiono trójkondygnacyjną dzwonnicę nad bramą prowadzącą na teren klasztoru, zaprojektowaną przez Stefana Kownira; obiekt ten w 1829 przebudowano według projektu A. Melenskiego. Całość utrzymana była w stylu baroku kozackiego. Oryginalny ikonostas w soborze monasterskim, zniszczony w pożarze kijowskiej dzielnicy Padół w 1811, został w 1825 zastąpiony przez konstrukcję neoklasycystyczną, również projektu Melenskiego.
Monaster był czynny do upadku caratu i przejęcia władzy przez bolszewików. W zabudowaniach klasztornych rozlokowano państwową poliklinikę i część instytucji Ukraińskiej Akademii Nauk. W 1926 monaster Objawienia Pańskiego uzyskał status zabytku o znaczeniu republikańskim. Mimo to w latach 30. XX wieku (po 1935) zniszczony został sobór monasterski i dzwonnica. Przetrwał natomiast wielokrotnie przebudowywany budynek dawnego refektarza i część dawnych obiektów mieszkalnych dla mnichów.