Drugą żoną Andrzeja Czarnkowskiego była Zofia Potulicka h. Grzymała (zm. po 1623 r.), z którą miał syna – Piotra (zm. 1647 r.) i również dwie córki – Barbarę (zm. przed 1642 r.) żona Michała Działyńskiego i Annę, ksieni Bernardynek w Poznaniu (1638 r.), zmarła w 1651 r.
W 1592 roku po śmierci Stanisława Górki wraz z rodzeństwem odziedziczył jedną z największych fortun I Rzeczypospolitej. Około roku 1600 rozbudował zamek w Osiecznej w stylu manierystycznym.
W 1604 r. miasto Łabiszyn z zamkiem i wsią zwaną Przedmieście oraz wsiami Pyłatowo i Oporowo za 12.600 zł wyderkafem na rok oddał Kasparowi Rozdrażewskiemu, kasztelanowi śremskiemu. W tym samym roku z części miasta Osieczna, które sprzedał ostatecznie w 1610 r., zapisał 450 zł na rzecz wikarych przy kościele katedralnym w Poznaniu.
Po 1606 r. sprowadził do Miejskiej Górki, której był właścicielem, humanistę wykształconego w Padwie, dr. Marcina z Kłecka, który wojewodzie kaliskiemu zadedykował „Procę na ministry...” w 1607 r.
Na swoim dworze Andrzej Czarnkowski utrzymywał m.in. chirurga Jakuba, któremu za wieloletnią służbę w 1610 r. podarował dom zwany „Bzizielewski”, ogród „Andrychowski”, drugi ogród „Chmielnik”, jabłecznik, staw oraz kilka wsi w powiecie poznańskim.