Z akt wizytacji biskupiej przeprowadzonej przez kanonika Krzysztofa Kaźmierskiego w latach 1596-1598, wynika że w parafii nie było plebana. Były też okresy, że Skalnik w ogóle nie miał księdza. Przez brak stałej opieki duszpasterza kult maryjny osłabł. Później w 1791 roku, Skalnik został przyłączony do parafii w Nowym Żmigrodzie. W drugiej połowie XIX w. okoliczni grekokatolicy starali się, by władze przekazały im "opuszczony" kościół, jednak bezskutecznie. W 1938 roku w Skalniku było 223 wiernych. W 1939 roku Skalnik został ekspozyturą Nowego Żmigrodu, a 12 sierpnia 1939 roku samodzielną parafią.
Obecny, murowany kościół został zbudowany z fundacji parafian w latach 1909-1911. Konsekrowany był w 1912 roku.
Dopiero za czasów ks. Michała Witowicza, który objął parafię w 1952 roku, kult Matki Boskiej Skalnickiej znowu odżył. Dzięki bardzo dużym staraniom ks. Witowicza, kościół w 1962 roku stał się Sanktuarium Matki Bożej, Pani Gór i Opiekunki Rodzin.
W 2002 roku koronę poświęcił w Watykanie Jan Paweł II.