Następnie trafił do centralnego więzienia MBP w Warszawie na Mokotowie.
Wyrokiem Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie z 15 listopada 1948 został przez sędziów: majora Józefa Badeckiego, kapitana Józefa Kanteckiego i kaprala Ryszarda Wasilewskiego skazany na karę śmierci. Wyrok podtrzymał Najwyższy Sąd Wojskowy w składzie pułkownik Józef Dziowe, podpułkownik Alfred Janowski i pułkownik Józef Warecki, a prezydent Bierut decyzją 28 lutego 1949 nie skorzystał z prawa łaski.
Porucznik Tadeusz Pelak został stracony 7 marca 1949 razem z sześcioma towarzyszami walki: majorem Hieronimem Dekutowskim, Romanem Grońskim, Stanisławem Łukasikiem, Jerzym Miatkowskim, Edmundem Tudrujem i Arkadiuszem Wasilewskim w więzieniu mokotowskim przy ul. Rakowieckiej w Warszawie. W 1994 i 1995 został zrehabilitowany wyrokami Sądu Wojskowego w Warszawie. Trwające kilkadziesiąt lat poszukiwania miejsca spoczynku ofiary komunistycznego mordu zostały uwieńczone sukcesem. Latem 2012 badacze Instytutu Pamięci Narodowej działający pod kierunkiem prof.