Stalle thumb|center|790px|Widok prezbiterium z ołtarzem głównym i stallami Ponad stallami prezbiterium, po prawej i lewej stronie ołtarza, ustawiono sześć polichromowanych posągów. Z prawej strony są to: św. Paweł z mieczem jego męczeńskiej śmierci w Rzymie, gdzie został ścięty, oraz dwaj ewangeliści z ich symbolami: św. Mateusz, przedstawiony z uskrzydloną męską postacią) i św. Łukasz, ze skrzydlatym wołem. Po stronie lewej stoi św. Piotr z kluczami i z kogutem przypominającym o zdradzie Jezusa, a następnie dwaj pozostali ewangeliści: św. Jan z kielichem (symbolizującym jego miłość do Eucharystii) i z orłem, (symbolem jego ewangelii), i św. Marek, ze skrzydlatym lwem.
Nowy stół ołtarzowy i relikwiarz W 1998 roku ustawiono w kościele nowy stół ołtarzowy. Jego projektant, rzeźbiarz Denis Dugay, czerpał inspiracje z architektury ołtarza głównego. Nowy ołtarz został konsekrowany na Boże Narodzenie 1998. Przed ołtarzem znajduje się relikwiarz. Podczas uroczystej mszy 31 października 1999 roku do bazyliki przybyli przedstawiciele poszczególnych grup religijnych, aby złożyć w nim relikwie należące do wszystkich beatyfikowanych lub kanonizowanych Kanadyjczyków, m.in.: św. Małgorzaty Bourgeoys, św. Marii Małgorzaty d’Youville i św. Andrzeja Bessette z Oratorium św.