W 1217 roku twierdza odparła oblężenie wojsk króla węgierskiego Andrzeja II (V wyprawa krzyżowa). Ponieważ góra była celem nieustannych ataków Templariuszy, muzułmanie zniszczyli w 1229 roku fortyfikacje i opuścili twierdzę. W 1241 roku do klasztoru powrócili chrześcijańscy mnisi. Decyzją papieża Aleksandra IV, w 1255 roku klasztor przypadł joannitom. Mieli oni zwyczaj przekształcania klasztorów i szczytów gór w obronne twierdze, jednak najwyraźniej zajęli tylko istniejące budynki klasztoru, nie odbudowując fortyfikacji. W 1263 roku górę zajął sułtan Bajbars, który nakazał całkowicie zniszczyć wszystkie zabudowania klasztorne. W 1517 roku Palestyna przeszła pod panowanie osmańskie. Za zgodą władz osmańskich w 1631 roku, gdy Kutoszem Ziemi Świętej był Diego Campanile, na górze Tabor powstał klasztor franciszkanów reformatów, który w latach 1921-1924 rozbudowano w bazylikę Przemienienia Pańskiego. Należy ona do Kustodii Ziemi Świętej.
Architektura