17 października 1997 Hirst podpisał kontrakt z Southamptonem, do którego przeszedł za 2 miliony funtów. W Southamptonie zadebiutował 18 października 1997 w przegranym 0:1 domowym meczu z Blackburn Rovers. W sezonie 1998/1999 rozegrał 2 ligowe mecze, a w sezonie 1999/2000 - żadnego. W styczniu 2000 roku zakończył karierę piłkarską.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1985/86 Barnsley
Division Two 28 9 1986/87 Sheffield Wednesday
Division One 21 6 1987/88 Sheffield Wednesday
Division One 24 3 1988/89 Sheffield Wednesday
Division One 32 7 1989/90 Sheffield Wednesday
Division One 38 14 1990/91 Sheffield Wednesday
Division Two 41 24 1991/92 Sheffield Wednesday
Division One 33 18 1992/93 Sheffield Wednesday
Premier League 22 11 1993/94 Sheffield Wednesday
Premier League 7 1 1994/95 Sheffield Wednesday
Premier League 15 3 1995/96 Sheffield Wednesday
Premier League 30 13 1996/97 Sheffield Wednesday
Premier League 25 6 1997/98 Sheffield Wednesday
Premier League 6 0 1997/98 Southampton
Premier League 28 9 1998/99 Southampton
Premier League 2 0
1999/00 Southampton
Premier League 0 0