Ze względu na położenie na dużej wysokości, stosunkowo długi czas wymiany wody i presję ze strony osadnictwa, rolnictwa oraz turystyki, jezioro jest wrażliwe na zmiany jakości wody i dopływ zanieczyszczeń z otaczającej zlewni.
Współczesne badania wskazują, że jezioro doświadczało problemów związanych z eutrofizacją, pogorszeniem jakości wody i okresowym niedoborem tlenu w głębszych warstwach wody. W literaturze naukowej zwraca się uwagę na znaczenie ograniczania dopływu substancji biogennych, zwłaszcza związków azotu i fosforu, oraz na potrzebę zintegrowanego zarządzania całą zlewnią jeziora.
Bioróżnorodność thumb|left|Połów ryb z użyciem kormoranów na jeziorze Er Hai
Er Hai było historycznie jednym z ważniejszych jezior Junnanu pod względem liczby lokalnych gatunków endemicznych. W badaniach dotyczących zmian we florze wodnej i ichtiofaunie jezior Junnanu wskazano, że Er Hai, obok jezior Fuxian i Dian Chi, należało do głównych ośrodków endemizmu wśród jezior prowincji.
W jeziorze odnotowano ponad 20 gatunków i podgatunków ryb, w tym kilka endemitów. Część rodzimych gatunków nie była jednak rejestrowana od wielu lat, a jednocześnie wzrosło znaczenie gatunków introdukowanych.