Szpital umieszczono w gmachu po skasowanym klasztorze bernardynek przy Placu Bernardyńskim. W dniu 1 stycznia 1823 nastąpiło otwarcie Szpitala Sióstr Miłosierdzia – pierwszego i przez pewien czas jedynego cywilnego zakładu leczniczego w Poznaniu. Pierwszą przełożoną szpitala została siostra Petronela Pyrzanowska. W 1828 Karol Marcinkowski zorganizował na terenie szpitala pierwszą na ziemiach polskich regularnie działającą przychodnię lekarską. Marcinkowski przekazał na potrzeby przychodni swoją roczną pensję. Nadzór nad szpitalem sprawowało kuratorium, w którego skład wchodził każdorazowo naczelny prezes Wielkiego Księstwa Poznańskiego. Zgodnie z drugim statutem z 16 kwietnia 1877, szpital był instytucją państwową i podlegał bezpośrednio resortowi naczelnego prezesa prowincji. Fundusze na utrzymanie lecznicy pochodziły z różnych źródeł, natomiast tzw. łóżka etatowe były utrzymywane z subwencji państwowych i dodatku z kasy prowincjonalnej.