Wielu członków akademii, w tym laureaci Nagrody Nobla, zostało zmuszonych do opuszczenia szeregów akademii z powodów politycznych, wielu było prześladowanych a ośmiu zostało zamordowanych w obozach koncentracyjnych.
W pierwszych latach po II wojnie światowej, w wyniku utraty wielu członków i powolnej denazyfikacji akademia pogrążona była w stagnacji. W 1947 roku akademia otrzymała nową nazwę – Österreichische Akademie der Wissenschaften. Stagnacja została przezwyciężona w wyniku procesu intensywnego umiędzynarodowienia instytucji. W latach 60. i 70. XX wieku akademia powołała do życia wiele nowych ośrodków naukowych. Akademia prowadzi badania m.in. w zakresie nauk przyrodniczych, matematycznych, społecznych, historycznych.
Organizacja Akademią kieruje prezydium złożone z przewodniczącego, wiceprzewodniczących i dwóch przewodniczących klasowych. Skład prezydium (stan na 2017 rok): przewodniczący: Anton Zeilinger wiceprzewodniczący: przewodniczący klasowi: Oliver Schmitt i Georg Brasseur Członkowie prezydium wybierani są spośród członków rzeczywistych akademii.