Działalność W młodości był czeladnikiem tkackim – praktykował w warsztacie ojca. W wieku 23 lat porzucił to zajęcie, by zostać księdzem i studiować teologię. Był spowiednikiem w klasztorze sióstr dominikanek. Będąc księdzem kontynuował studia teologiczne. Doszedł do godności prałata papieskiego, nadanej mu przez papieża Leona XIII w 1894.
W wieku 26 lat poważnie zachorował, a gdy miał 28 lat zdiagnozowano u niego gruźlicę płuc. Doświadczenie choroby skłoniło go do usystematyzowania metod leczenia wodą stosowanych w owym czasie, które opisał w książce Moje leczenie wodą (pol. wyd. 1923). Opisał metody m.in. Vincenta Priessnitza i J. H. Raussego (właściwie Heinricha Friedricha Franckego, 1805–1848). Mimo iż nie był lekarzem, udzielał porad w klasztorze. Wraz z towarzyszącym jego działalności rozgłosem w Wörishofen zaczęli pojawiać się ludzie szukający pomocy. Kneipp zorganizował w klasztornej pralni łaźnię, z czasem rozbudowaną do lecznicy, w wyniku czego Wörishofen stało się miejscowością uzdrowiskową. Na terenie Niemiec i w sąsiednich krajach powstały liczne zakłady leczące opisanymi przez Kneippa metodami.