W 2002 w związku ze zmianami w wyższym wojskowym szkolnictwie medycznym, Wojskowa Akademia Medyczna stała się częścią Uniwersytetu Medycznego na prawach Wydziału, a CSK WAM uległ przekształceniu w Wojskowy Instytut Medyczny.
Placówka wielokrotnie zmieniała nazwy: 1964 – 2 Centralny Szpital Kliniczny Wojskowej Akademii Medycznej 1967 – Instytut Kształcenia Podyplomowego Wojskowej Akademii Medycznej z 2 Centralnym Szpitalem Klinicznym WAM na prawach Wydziału ds. Kształcenia Podyplomowego 1974 – Centrum Kształcenia Podyplomowego WAM 1983 – Centralny Wojskowy Szpital Kliniczny z Centrum Kształcenia Podyplomowego WAM 1986 – Centralny Szpital Kliniczny WAM 1999 – Centralny Szpital Kliniczny WAM Samodzielny Zakład Opieki Zdrowotnej 2002 – Wojskowy Instytut Medyczny z Centralnym Szpitalem Klinicznym Ministerstwa Obrony Narodowej