Oboje zginęli w zasadzce zorganizowanej 18 lipca 1946 pod Skaryszewem przez oddział WIN-u dowodzony przez Tadeusza Zielińskiego. Według doniesień prasowych w PRL w zasadzce zorganizowanej przez NSZ między Skaryszewem a Radomiem podczas podróży samochodem śmierć ponieśli ppłk Wnukowski, jego żona Irena, por. Ignacy Łotowicz i siedmiu żołnierzy. W propagandowych, wydawanych w PRL publikacjach autorstwa byłych funkcjonariuszy UB (m.in. Stanisława Wałacha) pisano, że Wnukowski nie zginął podczas walki, tylko został zatrzymany i rozstrzelany wraz z ciężarną żoną Ireną i żołnierzami swojej obstawy. Autorzy opracowań dotyczących żołnierzy wyklętych po 1989 roku, w tym Janusz Kurtyka, Filip Musiał i Leszek Żebrowski, piszą, że Irena Wnukowska miała broń i zginęła w walce.
Alfred Wnukowski z żoną zostali pochowani na cmentarzu komunalnym Pobitno w Rzeszowie (sektor XXX-5-1).