Autorzy sprawozdania informacyjnego Delegatury Rządu na Kraj z 4 kwietnia 1944 zwracali bowiem uwagę, że pacyfikacja Wanat poprzedziła wielką łapankę, którą Niemcy zorganizowali na terenie powiatu garwolińskiego celem skompletowania kontyngentu na roboty przymusowe do Rzeszy. Wysunięto w związku z tym przypuszczenie, iż zniszczenie wsi mogło mieć na celu zastraszenie ludności powiatu i umożliwienie sprawnego przebiegu wywózek.
Tymczasem wkrótce po zakończeniu potyczki większość mężczyzn zamieszkujących Wanaty ukryła się w sąsiednich wsiach. Niemcy uciekli się jednak do podstępu i przystąpili do akcji odwetowej dopiero po upływie tygodnia, gdy ludność uznała, że najgorsze niebezpieczeństwo już minęło. Niemal wszyscy mężczyźni zdążyli do tej pory powrócić do Wanat.
Przebieg pacyfikacji Do „akcji” w Wanatach Niemcy zaangażowali poważne siły. W pacyfikacji uczestniczyli funkcjonariusze żandarmerii i Gestapo z posterunków w Garwolinie, Łaskarzewie i Sobolewie. Odnotowano obecność wschodnich kolaborantów – w niektórych źródłach określanych jako „Ukraińcy”, w innych jako „oddział Kałmuków”. Ponadto istnieją relacje mówiące, iż w „akcji” w Wanatach brali również udział funkcjonariusze niemieckiej Kriminalpolizei (pol. Policji Kryminalnej) oraz polscy granatowi policjanci.