Transept Transept posiada dwuprzęsłowe ramiona. W południowym ramieniu transeptu znajduje się ołtarz Matki Boskiej Częstochowskiej, który został wzniesiony w 1913 roku według projektu firmy Iwaszkiewicz i Ska. W 1936 roku w centrum ołtarza został zainstalowany obraz Matki Boskiej Częstochowskiej autorstwa Mehoffera, namalowany na blasze miedzianej, złoconej w ogniu i polerowanej. Początkowo do zasłaniania obrazu służył inny obraz J. Mehoffera – św. Stanisław Kostka. W 1939 roku ołtarz pozłocono zgodnie z planem Mehoffera.
W północnym ramieniu transeptu znajduje się ołtarz św. Józefa z 1927 roku, fundacji małżonków Milewskich, który został zmieniony w 1948 roku, według projektu Mehoffera z 1939 roku. Pośrodku ołtarza znajduje się figura św. Józefa. Po bokach umieszczono figury przedstawiające Pokłon Trzech Króli po lewej, Świętej Rodziny po prawej. W uszakach znajdują się figury: po lewej biskupa Stanisława, po prawej św. Wojciecha. W dolnej części widnieje obraz autorstwa Włodzimierza Bartoszewicza przedstawiający św. Annę. Ołtarz został pozłocony.