Bouchard wierzył, że Mulroney doprowadzi do odpowiednich zmian w konstytucji tak by powiększyć autonomię Quebecu i nadać tej prowincji status wydzielonego społeczeństwa. Zanim jednak wszedł do rządu federalnego, odbył misję dyplomatyczną do Francji, gdzie przebywał przez kilka lat jako ambasador Kanady. W 1988 został ministrem w rządzie federalnym – początkowo spraw zagranicznych, a następnie ochrony środowiska.
Mulroney nie zawiódł nadziei, jakich pokładał w nim Bouchard. Rozpoczął skomplikowany proces zmian konstytucyjnych, który zaowocował porozumieniami w Meech Lake i w Charlotetown. Niestety dla Quebecu porozumienia te nie zostały ratyfikowane przez wszystkie zainteresowane strony. Wywołało to kolejny wzrost tendencji separatystycznych w Quebecu, które ostatecznie doprowadziły do drugiego referendum w 1995. Sam Bouchard utracił zaufanie do partii i spowodował secesję z niej większości posłów pochodzących z Quebecu, tworząc oddzielny klub parlamentarny, z którego wkrótce wykształciła się nowa partia federalna Blok Quebecu. W czasie drugiego referendum Bouchard, obok Jacques'a Parizeau, był jednym z czołowych zwolenników separatyzmu.