Z jego dzieł nie wynika jednak jasno, czy uważał je za organizmy żywe, czy materię nieożywioną.
Roger Bacon opisał w 1235 okulary. Chociaż nie pozwalały one dostrzec mikroorganizmów, były pierwszym wynalazkiem, który powiększał inne przedmioty. Bracia Jan Jensen i Zachariasz Jensen w 1590 skonstruowali pierwszy mikroskop optyczny. Mimo to jego możliwości były słabe, głównie ze względu na silną aberracje sferyczną i aberracje chromatyczną.
Bakterie zostały po raz pierwszy zauważone w 1686 roku przez przyrodnika i przedsiębiorcę Antonie van Leeuwenhoek, który obserwował je używając własnoręcznie wykonanego, jednoobiektywowego mikroskopu. Nazwał je „animalcules” i opublikował w serii listów do Royal Society.
Nazwa „bakterie” została wprowadzona znacznie później, bo w 1838 r., od greckiego słowa baktērion (βακτήριον – „pałeczka”) przez Christiana Gottfrieda Ehrenberga.