Thatgamecompany Jego kolejna gra, Flower, była pierwszą jego produkcją powstałą po ukończeniu uniwersytetu. Chen został jej dyrektorem kreatywnym, podczas gdy producentem była Santiago, a Clark – głównym projektantem. Nad jej produkcją w różnych etapach produkcji pracowało od sześciu do dziewięciu osób. Flower miał w zamierzeniu Chena przede wszystkim wywoływać pozytywne przeżycia u gracza. Opisywał ją on jako interaktywny poemat o konflikcie między miastem a przyrodą. Chen zaprojektował grę na podstawie zamysłu, iż pierwotnym celem produktów rozrywkowych (między innymi gier komputerowych) było wywołanie uczuć wśród odbiorców, a zasięg emocjonalny większości z tych gier był ograniczony. Aby sprawić, że Flower uzyska upragnione spektrum emocjonalne, Chen patrzył na proces produkcji bardziej jak na tworzenie dzieła sztuki niż pozbawionej wyższych uczuć gry rozrywkowej. W 2008 roku, jeszcze podczas produkcji Flowera, Chen znalazł się na przygotowanej przez Massachusetts Institute of Technology liście 35 najlepszych innowatorów świata w wieku poniżej 35 lat.