Tam spędził w barwach klubu z Ciudad Juárez jeszcze rok.
Latem 2011 Hernández został piłkarzem innego drugoligowca – ekipy Club León. Tam już po kilku miesiącach został podstawowym bocznym obrońcą zespołu, w sezonie Clausura 2012 zdobywając z nim mistrzostwo drugiej ligi, co na koniec rozgrywek 2011/2012 zaowocowało już drugim w jego karierze awansem do Primera División. Premierowego gola w pierwszej lidze meksykańskiej strzelił 21 lipca 2012 w wygranej 2:0 konfrontacji z Querétaro, a w jesiennym sezonie Apertura 2013 jako kluczowy gracz defensywy wywalczył z Leónem tytuł mistrza Meksyku. Sukces ten powtórzył również pół roku później, podczas rozgrywek Clausura 2014, wciąż mając niepodważalną pozycję w drużynie prowadzonej przez Gustavo Matosasa. W lipcu 2015 udał się na wypożyczenie do Chivas de Guadalajara, gdzie w sezonie Apertura 2015 zdobył puchar Meksyku – Copa MX, a za sprawą udanych występów już po roku aktywowano jego klauzulę wykupu.
W 2016 roku Hernández wywalczył z Chivas superpuchar Meksyku – Supercopa MX.